南京林业大学学报(自然科学版) ›› 2020, Vol. 44 ›› Issue (2): 75-83.doi: 10.3969/j.issn.1000-2006.201907017
易敏1(), 张露1, 雷蕾1, 程子珊1, 孙世武2, 赖猛1,*()
收稿日期:
2019-07-12
修回日期:
2019-09-18
出版日期:
2020-03-30
发布日期:
2020-04-01
通讯作者:
赖猛
基金资助:
YI Min1(), ZHANG Lu1, LEI Lei1, CHENG Zishan1, SUN Shiwu2, LAI Meng1,*()
Received:
2019-07-12
Revised:
2019-09-18
Online:
2020-03-30
Published:
2020-04-01
Contact:
LAI Meng
摘要:
【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的SSR标记,其多态性和通用性较差。为解决这一问题, 笔者根据湿地松转录组测序数据开发EST-SSR位点,并揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为湿地松分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用MISA软件对转录组序列进行SSRs查找和分布特征分析。查找标准参数设置为: 单核苷酸重复>10次,二核苷酸重复>6次,三、四、五、六核苷酸重复>5次。根据SSR位点两端的保守区域,利用Primer3.0设计并随机挑选120对SSR引物,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对来自美国和吉安的113份家系个体进行遗传多样性分析,确定引物多态性。【结果】79 574条unigenes序列中搜索到3 818个SSR位点,出现频率为4.80%,平均18.27 kb出现1个SSR位点,3 373个unigenes含有SSR位点,SSR发生频率(含SSR位点的序列数/搜索序列总数)为4.24%,其中2 980条序列含1个SSR位点,含1个以上SSR位点的序列有393条。在检测到的3 818个SSR标记中,单核苷酸分布最多,其次是二核苷酸和三核苷酸,SSR数量分别占总数的63.54%、19.15%和16.27%,而四、五、六核苷酸重复类型所占比例较小,分别为0.52%、0.13%和0.31%。SSR重复单元的重复次数分布在5~22次之间,除单核苷酸重复外的1 391个SSR中,重复5次的数量最多,为498个(35.80%);重复6次和7次的次之,分别为417个(29.98%)和198个(14.23%);重复10次以上的仅有38个(2.73%)。在检测到的731个二核苷酸重复SSR中,最常出现的重复单元为AT/AT,数量为491个(12.86%),AG/CT和AC/GT两种类型的重复单元出现的次数次之,分别为156(4.09%)和81个(2.12%)。在检测到的621个三核苷酸重复中,AAT/ATT是出现频率最高的单元,共139个(3.64%),其次是AAG/CTT,共122个(3.20%)。3 818个SSR中有24.59%的位置未知,其余的SSR则分布在非编码区域(untranslated region,UTR)或者编码区(coding sequence,CDS)上,分布数量表现为3'UTR>5'UTR>CDS。参试的120对SSR引物,有92对扩增成功(76.78%),其中24对呈现多态(20%)。24对引物(13个二核苷酸重复、7个三核苷酸重复和4个四核苷酸重复)共检测出81个等位基因,每个位点的等位基因数为2~9,平均为3.38个。多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.103~0.726,平均为0.349。【结论】通过对湿地松转录组数据的挖掘,共获得 3 818个SSR位点,主要重复单元为AT/AT和AAT/ATT,可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于湿地松转录组序列的SSR标记开发是可行的。
中图分类号:
易敏,张露,雷蕾,等. 湿地松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2020, 44(2): 75-83.
YI Min, ZHANG Lu, LEI Lei, CHENG Zishan, SUN Shiwu, LAI Meng. Analysis of SSR information in transcriptome and development of EST-SSR molecular markers in Pinus elliottii Engelm.[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2020, 44(2): 75-83.DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.201907017.
表1
试验材料概况"
来源 source | 家系数 number of family |
---|---|
佐治亚州种子园自由授粉家系 open-pollinated families of seed orchard in Georgia State | 12 |
密西西比州种子园自由授粉家系 open-pollinated families of seed orchard in Mississippi State | 48 |
佛罗里达州种子园自由授粉家系 open-pollinated families of seed orchard in Florida State | 48 |
吉安市林科所母树林优良单株混合种子 mixed seeds from plus-trees in the parent-stand of Ji’an Forestry Institute | 5 |
表2
湿地松转录组中SSR搜索结果"
项目 item | 数值 value |
---|---|
搜索序列总数 number of searching sequences | 79 574 |
搜索序列总长度/bp length of searching sequences | 69 735 997 |
SSR总数 number of SSR | 3 818 |
含SSR位点的序列数 number of sequences with SSRs | 3 373 |
含1个以上SSR位点的序列数 number of sequences with more than one SSRs | 393 |
SSR发生频率/% occurrence frequency of SSR | 4.24 |
unigene出现频率/% occurrence frequency of unigene | 4.80 |
平均距离/kb average distance | 18.27 |
表3
湿地松转录组中SSR重复单元的分布特征"
重复类型 type of repeat | 重复单元类型数 number of type | SSR数目 number of SSR | 比例/% proportion | 频率/% frequency | 平均距离/kb average distance | 平均长度/bp average length |
---|---|---|---|---|---|---|
单核苷酸mononucleotide | 4 | 2 426 | 63.54 | 3.05 | 28.75 | 11.51 |
二核苷酸dinucleotide | 11 | 731 | 19.15 | 0.92 | 95.40 | 14.39 |
三核苷酸trinucleotide | 55 | 621 | 16.27 | 0.78 | 112.30 | 15.95 |
四核苷酸tetranucleotide | 20 | 20 | 0.52 | 0.03 | 3 486.80 | 22.20 |
五核苷酸pentanucleotide | 5 | 5 | 0.13 | 0.01 | 13 947.20 | 25.00 |
六核苷酸hexanucleotide | 13 | 13 | 0.31 | 0.02 | 5 811.33 | 33.23 |
总计 total | 108 | 3 818 | 100 | 4.80 | 18.27 | 20.38 |
表4
SSR单元长度分布"
重复类型 type of repeat | 单元长度/bp motif length | 数量 number | 比例/% proportion | 重复类型 type of repeat | 单元长度/bp motif length | 数量 number | 比例/% proportion |
---|---|---|---|---|---|---|---|
单核苷酸 mononucleotide | 10 | 1 093 | 45.05 | 二核苷酸 dinucleotide | 20 | 28 | 3.83 |
11 | 505 | 20.82 | 22 | 8 | 1.09 | ||
12 | 251 | 10.35 | 24 | 1 | 0.14 | ||
13 | 171 | 7.05 | 三核苷酸 trinucleotide | 15 | 470 | 75.68 | |
14 | 136 | 5.61 | 18 | 110 | 17.71 | ||
15 | 114 | 4.70 | 21 | 37 | 5.96 | ||
16 | 94 | 3.87 | 24 | 4 | 0.64 | ||
17 | 43 | 1.77 | 四核苷酸 tetranucleotide | 20 | 16 | 80.00 | |
18 | 14 | 0.58 | 24 | 2 | 10.00 | ||
19 | 1 | 0.04 | 32 | 1 | 5.00 | ||
20 | 3 | 0.12 | 44 | 1 | 5.00 | ||
22 | 1 | 0.04 | 五核苷酸pentanucleotide | 25 | 5 | 100.00 | |
二核苷酸 dinucleotide | 12 | 301 | 41.18 | 六核苷酸 hexanucleotide | 30 | 8 | 61.54 |
14 | 161 | 22.02 | 36 | 4 | 30.77 | ||
16 | 149 | 20.38 | 38 | 1 | 7.69 | ||
18 | 85 | 11.63 |
表6
筛选出的多态性引物信息"
引物编号 primer No. | 引物命名 name | 重复基序 repeat motifs | 扩增片段大小 amplification fragment size | 正向引物序列 forward primer sequence (5'-3') | 反向引物序列 reverse primer sequence (5'-3') | 多态性条带数 polymorphic band number | 多态信息含量(PIC) polymorphism information content |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pe103802 | (AT)7 | 141 | GGATGATCAGGGCATGAAAT | CATAAAAGTTGGCACCACCA | 9 | 0.679 |
4 | Pe111209 | (AC)6 | 256 | AGCTATGTGGACTATGGCGG | CTGTGAAGTGTGAAGCCCAG | 3 | 0.382 |
8 | Pe114582 | (TA)6 | 275 | ATACCTAGGCAGATGCCCCT | TTAGGCTGGACAACCCAAAC | 2 | 0.384 |
16 | Pe117651 | (GA)6 | 262 | GTTAGCCTCCCTCACCGATT | CACAAACCTTGGTGTTGCAC | 2 | 0.118 |
19 | Pe119033 | (AT)6 | 267 | TTCTTGATACATCGGGGCAT | AAACCTGTTCAAATCCTCACAA | 3 | 0.168 |
28 | Pe102606 | (AAT)5 | 162 | TTGTTTCACTGCACTCCAGC | GGCATTTTAATGCGGTTGTT | 2 | 0.203 |
30 | Pe103288 | (ATT)5 | 274 | GAGGGAAGCTTATCCCGAAC | TCCTTTCATGAGGAGGCACT | 6 | 0.726 |
32 | Pe106732 | (AGG)5 | 163 | CGGTGGAAGATTTAGGTCCA | GAAAAACAGCGGCAGAAAAG | 4 | 0.103 |
38 | Pe109562 | (CCT)5 | 209 | CAGGAGCCGAAGTCTGAGTC | TTCTGGCCCTCCTCTCTACA | 2 | 0.320 |
57 | Pe139538 | (TTAG)5 | 280 | TGAAAGGTGGAGATCCTTGG | AGGTCTGAGAGCATGGAGGA | 4 | 0.400 |
58 | Pe140688 | (GATG)5 | 264 | ATGAACGCTTTAGTTCCCCC | GTGATGCGAGATGTGCAGTT | 2 | 0.112 |
60 | Pe146453 | (CATT)5 | 257 | CTGATCCACCCTCATCTGCT | GGGAGCAACCAGAACAACAT | 3 | 0.468 |
61 | Pe110222 | (TTG)5 | 277 | TCTGTAACTTGGACTGGCCC | CAGCCACAGTAGGTGCAACA | 2 | 0.176 |
62 | Pe111574 | (CAC)6 | 170 | ACGGTGTTCCACAGATGGAT | AGAAGATGCAGGAGCCTGAG | 2 | 0.203 |
63 | Pe111823 | (CAT)6 | 181 | ATCCGCTCTAGTTCTGCCAA | CAAGTGCGGGCAATCTTTAT | 2 | 0.238 |
66 | Pe137956 | (AAAC)5 | 240 | TGGGGTTAGGCTCTCTGCTA | GAATATCCGAATTGCGAGGA | 2 | 0.118 |
70 | Pe106199 | (TA)6 | 257 | CCATAGGCCACAGTGAGGTT | TTCTTGGACATTGACCCTCC | 2 | 0.169 |
79 | Pe110432 | (CT)7 | 196 | TGGACCTTCCAAACCAAAAG | GACGAGAAGGAGCCGTGTAG | 2 | 0.189 |
80 | Pe112948 | (AC)6 | 263 | ACGTTGATCTTTGTGTGCCA | TGAACATCCTCCCTCATTCC | 2 | 0.201 |
81 | Pe113019 | (AG)7 | 240 | ATCTAGCGATCCCGGAAGTT | ACCACCTTCTTCCTCCCATT | 3 | 0.590 |
92 | Pe113428 | (CT)6 | 271 | ATGCATGGGTTTAGCCTGTC | CCCTGTTTGACTCCTTCCAG | 4 | 0.391 |
94 | Pe114582 | (TA)6 | 275 | ATACCTAGGCAGATGCCCCT | TTAGGCTGGACAACCCAAAC | 5 | 0.652 |
99 | Pe115123 | (AG)9 | 275 | AAAACCCCAGCTAGGGAAGA | TCTATTGGCTCTTCGCATGT | 6 | 0.672 |
116 | Pe115359 | (AT)6 | 197 | AGGGCCAAAACACATCAAAG | ACAACCCTTGGAATGACTGC | 7 | 0.709 |
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