油茶基因组微卫星特征分析

doi:10.3969/j.jssn.1000-2006.2012.02.010

国家林草科技领军期刊
中国精品科技期刊
中国高校百佳科技期刊
江苏省新闻出版政府奖期刊奖
RCCSE林学权威期刊（A+）
CSCD核心期刊
Scopus数据库收录期刊
中文核心期刊
SCD核心期刊

作者加群：102861116

微信公众号：南京林业大学学报

高级检索

南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2012, Vol. 36 ›› Issue (02): 47-51.doi: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2012.02.010

油茶基因组微卫星特征分析

史洁,尹佟明,管宏伟, 戴晓港,陈金慧,施季森^*

南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京 210037

出版日期:2012-04-10 发布日期:2012-04-10
基金资助:
收稿日期:2011-09-08 修回日期:2011-12-12 基金项目:国家林业局林业公益性行业科研专项项目(200904002) 第一作者:史洁,博士生。*通信作者:施季森,教授。E-mail: jshi@njfu.edu.cn。引文格式:史洁,尹佟明,管宏伟,等. 油茶基因组微卫星特征分析[J]. 南京林业大学学报:自然科学版,2012,36(2):47-51.

Characteristic analysis of microsatellites of Camellia spp.

SHI Jie, YIN Tongming, GUAN Hongwei, DAI Xiaogang, CHEN Jinhui, SHI Jisen^*

Key Lab of Forest Genetics and Biotechnology of the Ministry of Education, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037,China

Online:2012-04-10 Published:2012-04-10

摘要/Abstract

摘要： 对油茶基因组约10%覆盖度的DNA序列进行微卫星查找,共获得11 344个重复单元长度为1～6碱基的微卫星。在此基础上,通过对这些微卫星序列分析发现:在油茶基因组中长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占27.1%; 在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T以及AT/TA、AG/TC。三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T。油茶基因组中变异程度高的微卫星(长度≥20 bp)约占11.7%。分析还发现,除单核苷酸重复微卫星外,油茶基因组微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关,即油茶基因组中长度较短的微卫星变异速率较快,而较长的重复单元变异速度较慢,相对较为稳定。

Abstract: There were 11 344 microsatellites(SSRs)ranged from 1 to 6 bp detected by analyzing the DNA sequences covering about 10% of genome Camellia. Among these SSRs, dinucleotide repeats were most abundant(27.1%). For the composition of microsatellites, A/T repeats were the most frequent motifs in mononucleotide repeats, and AT/TA, AG/TC repeats were the most in dinucleotide repeats, while(AAN)n,(AAAN)n and(AAAAN)n repeats were dominant in tri-, tetra- and pentanucleotide repeats, respectively. All the dominant repeat motifs for different type of SSRs were abundant in nucleotides A and T. In Camellia genome, microsatellites longer than 20bp accounted for about 11.7% of the detected SSRs. Repeats, repeat motif lengths were found negatively correlated with the variation rate except mononucleotide repeats, thus, the shorter repeats would have faster substitution rate.

中图分类号:

S722

史洁,尹佟明,管宏伟,等. 油茶基因组微卫星特征分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2012, 36(02): 47-51.

SHI Jie, YIN Tongming, GUAN Hongwei, DAI Xiaogang, CHEN Jinhui, SHI Jisen. Characteristic analysis of microsatellites of Camellia spp.[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2012, 36(02): 47-51.DOI: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2012.02.010.

参考文献

[1] Lawson M J, Zhang L. Distinct patterns of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genomes [J]. Genome Biol, 2006, 7:R14.
[2] Li Y C, Korol A B, Fahima T, et al. Microsatellites within genes: structure, function, and evolution[J]. Mol Biol Evol, 2004, 21:991-1007.
[3] Orr H T, Zoghbi H Y. Trinucleotide repeat disorders[J]. Annu Rev Neurosci, 2007, 30:575-621.
[4] 张智俊.油茶优良无性系组织培养、RAPD分子鉴别和cDNA文库构建的研究[D].株洲:中南林学院, 2003.
[5] 张国武,钟文斌,乌云塔娜,等.油茶优良无性系ISSR分子鉴别[J].林业科学研究, 2007, 20(2): 278-282.
[6] 李汝玉,李群,张文兰,等.利用SSR标记进行小麦品种鉴定和新品种保护研究[J].山东农业科学,2007(6):14-17.
[7] 冯锦霞,张川红,郑勇奇,等.利用荧光SSR 标记鉴别杨树品种[J].林业科学,2011,47(6):167-174.
[8] 张亚东,胡兴宜,宋丛文.利用新型分子标记EST-SSR鉴定湖北省内的主栽黑杨品种[J].分子植物育种,2009,7(1):105-109.
[9] Weber J L. Informativeness of human(dC-dA)n-(dG-dT)n polymorphisms[J]. Genomics, 1990,7(4):524-530.
[10] Wang Z, Weber J L, Zhong G, et al. Survey of plant short tandem DNA repeats[J]. Theoretical and Applied Genetics,1994,88, 1-6.
[11] Tóth G, Gáspári Z, Jurka J. Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis[J].Genome Reseach,2000,10(7):967-981.
[12] Amarasinghe V, Carlson J E. The development of microsatellite DNA markers for genetic analysis in Douglas-fir[J]. Can J For Res,2002,32:1904-1915.
[13] Cradle L, Ramsay L, Milbourne D, et al. Computational and experimental characterization of physically clustered simple sequence repeats in plants[J]. Genetics,2000,156:847-854.
[14] Varshney R K, Thiel T, Stein N, et al. In silico analysis on frequency and distribution of microsatellites in ESTs of some cereal species[J]. Cell Mol Biol Lett,2002,7:537-546.
[15] Tuskan G A, Gunter L E, Yang Z K, et al. Characterization of microsatellites revealed by genomic sequencing of Populus trichocarpa[J]. Can J For Res, 2004, 34: 85-93.
[16] Li S, Yin T. Map and analysis of microsatellites in genome of Populus: the first sequenced perennial plant[J]. Sci China C:Life Sci,2007,50:690-699.
[17] Temnykh S, DeClerck G, Lukashova A, et al. Computational and experimental analysis of microsatellites in rice(Oryza sativa L.): frequency, length variation, transposon associations, and genetic marker potential[J]. Genome Res,2001,11:1441-1452.
[18] 李淑娴,张新叶,王英亚,等. 桉树EST序列中微卫星含量及相关特征[J].植物学报,2010,45(3):363-371.

相关文章 15

[1]	许慧慧, 班卓, 王晨雪, 毕泉鑫, 刘肖娟, 王利兵. 文冠果BZR1基因家族鉴定及功能分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(2): 12-22.
[2]	戚亚, 王改萍, 轩辕欣彤, 彭大庆, 李硕民, 李守科, 曹福亮. 文冠果药用优良无性系评价[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(2): 38-44.
[3]	陈升侃, 郭东强, 邓紫宇, 唐庆兰, 廖长琨, 杨植旺, 朱原立, 李昌荣. 斑皮柠檬桉种源树高生长稳定性评价[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(2): 67-74.
[4]	姚俊修, 任飞, 王因花, 李庆华, 燕丽萍, 郑岩, 吴德军. 基于荧光SSR标记的接骨木种质资源遗传多样性分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(2): 75-82.
[5]	柯欣, 费琪, 夏馨蕊, 叶建仁, 朱丽华. 抗松针褐斑病湿地松胚性愈伤组织诱导及体胚产量影响因素的研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(1): 87-94.
[6]	林强, 徐进, 李上前, 林云斌, 章允清, 欧阳磊. 福建福鼎柳杉种子园半同胞子代遗传变异分析与早期选择[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(1): 78-86.
[7]	姜波, 安新民. 基因组精准编辑技术及其在林木育种中的应用[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(1): 11-20.
[8]	张伟溪, 丁密, 苏晓华, 李爱平, 王小江, 余金金, 李政宏, 黄秦军, 丁昌俊. 小叶杨×欧洲黑杨杂交F₁代生长及叶片解剖结构杂种优势分析与抗旱性评价[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2025, 49(1): 46-58.
[9]	杨袁木, 李娜, 陈新宇, 徐放, 潘文, 张卫华. 红锥种源与无性系的材性变异研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(6): 41-50.
[10]	闫平玉, 张磊, 王佳兴, 冯可乐, 王浩浩, 张含国. 红松天然种群遗传多样性分析及核心种质构建[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(5): 69-80.
[11]	王佳兴, 闫平玉, 孙佰飞, 刘劲宏, 冯可乐, 张含国. 长白落叶松自由授粉家系生长变异及优良家系早期选择[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(5): 81-89.
[12]	匡泽宇, 彭冶, 方炎明. 铁冬青花挥发性化合物对中华蜜蜂访花的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(4): 254-260.
[13]	刘莉, 瞿印权, 余延浩, 王倩, 洑香香. 青钱柳全基因组SSR位点分析及多态性引物开发[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(4): 67-75.
[14]	刘夏岚, 宋子琪, 胡凤荣, 尚旭岚. 青钱柳二倍体和四倍体叶特征比较研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(4): 76-84.
[15]	马坛, 田野, 王书军, 李文昊, 段启英, 张庆源. 不同性别南方型黑杨无性系叶片对土壤短期间歇性干旱的生理响应[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(3): 172-180.

油茶基因组微卫星特征分析

Characteristic analysis of microsatellites of Camellia spp.

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

作者

读者

审稿