中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测

doi:10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005

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南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2010, Vol. 34 ›› Issue (04): 21-25.doi: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005

中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测

乌云塔娜¹,²，刘学英¹，李振国³

1.中南林业科技大学，经济林育种与栽培国家林业局重点实验室，湖南长沙410004；2.中南林业科技大学林学院，湖南长沙410004；3.内蒙古赤峰市克什克腾旗黄岗梁林场，内蒙古赤峰025350

出版日期:2010-08-06 发布日期:2010-08-06
基金资助:
收稿日期：2009-10-21修回日期：2010-04-26基金项目：湖南省科技计划项目(K0904005-21)；湖南省教育厅科学研究项目(5014)；长沙市科技局科研项目(101-4586)作者简介：乌云塔娜(1975—)，副教授。Email: tanatana@sina.com。引文格式：乌云塔娜,刘学英,李振国. 中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR克隆及功能预测[J]. 南京林业大学学报:自然科学版,2010,34(4):21-25.

Clone and functional prediction of SRNase promoter regions in Chinese pear

WUYUNTana¹,², LIU Xueying¹, LI Zhenguo³

1.The Key Lab of Nonwood Forest Product of Forestry Ministry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha 410004, China; 2.School of Forestry Central South University of Forestry and Technology, Changsha 410004, China; 3.Huanggangliang Forest Farm of Keshiketengqi, Chifeng 025350, China

Online:2010-08-06 Published:2010-08-06

摘要/Abstract

摘要： 利用TAILPCR技术从中国砂梨品种‘金花’、‘懋功’及白梨品种‘鸭梨’基因组DNA中分别扩增出长度为854、1 448和1 137 bp的S13-、S12-、S21-RNase基因5′端上游序列，并提交 GenBank，序列号为HM047239、HM047240、HM047241。经PLACE和PlantCARE软件顺式调控元件预测发现，这3个启动子均具有典型核心启动子TATA 盒和 CAAT 盒，且在上游均存在光应答调控元件(box 4，Gbox)、脱落酸应答元件ABRE及水杨酸应答元件TCAelement等，由此可知其可能受光照、脱落酸、水杨酸等多种条件的共同调节。此外，与已知日本梨S2-、S3-、S4-、S5-RNase基因启动子序列比对发现，SRNase启动子TATA盒上游存在一约200 bp的同源区域。以MEG 4.0构建系统发育树表明，梨属和苹果属SRNase等位基因多态性可能在亚科的分化之前就已形成。

Abstract: Using TAILPCR, 5′flanking regions of the S13, S12, S21RNase genes with a length of 854 bp, 1 448 bp and 1 137 bp were successfully isolated from ‘Jinhua ’and ‘Maogong’(Pyrus pyrifolia) and ‘Yali’(Pyrus bretschneideri) genomic DNA, the GenBank numbers are HM047239, HM047240 and HM047241. The core promoter regions and some upstream regulatory elements in the three fragments were analyzed using PLACE and PlantCARE software. It is found that all of these genes have the putative TATA box and CAAT box, and the promoters were affected by a variety of conditions as light, ABA, salicylic acid. Alignment analysis for promoter sequences of S13, S12, S21 with 5′flanking sequences of S2, S3, S4, S5 revealed a homologous region of about 200 bp in the upstream sequences of the TATA box in SRNase promoters. Phylogenetic tree constructed by MEG 4.0 suggests that the divergence of SRNase gene was formed before the differentiation of subfamilies.

中图分类号:

S722

乌云塔娜,刘学英,李振国. 中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2010, 34(04): 21-25.

WUYUNTana,, LIU Xueying, LI Zhenguo. Clone and functional prediction of SRNase promoter regions in Chinese pear[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2010, 34(04): 21-25.DOI: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005.

参考文献

[1]王绪,邓俭英,方锋学,等. ISSR分子标记技术及其在园艺作物中的应用[J]. 广西农业科学,2007,38(4):371-374.
[2]Sato Y, Kurihara A, Ogata T, et al. Mode of selfcompatibility inheritance in Japanese pear[J]. J Jpn Soc Hort Sci, 1988, Supp(2): 76-77.
[3]Liu Y G, Whittier R F. Thermal asymmetric interlaced PCR: automatable amplification and sequencing of insert end fragments from P1 and YAC clones for chromosome walking [J]. Genomics, 1995, 25: 674-681.
[4]Liu Y G, Mitsukawa N, Oosumi T, et al. Efficient isolation and mapping of Arabidopsis thaliana TDNA insert junctions by thermal asymmetric interlaced PCR[J]. Plant, 1995, 8: 457-463.
[5]Tsugeki R, Kochieva E Z, Fedoroff N V. A transposon insertion in the Arabidopsis SSR16 gene causes an embryodefective lethal mutation[J]. The Plant Journal, 1996, 10 (3): 479-489.
[6]乌云塔娜. 中国白梨自交不亲和基因的分离鉴定[D]. 长沙:中南林业科技大学,2003.
[7]Thompson J D, Gibson T J, Plewniak F, et al. The Clustal X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools[J]. Nucleic Acids Research, 1997, 25: 4876-4882.
[8]Tamura K, Dudley J, Nei M, et al. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA)software version 4.0[J]. Molecular Biology and Evolution, 2007: 1596-1599.
[9]Higo K, Ugawa Y, Iwamoto M, et al. Plant cisacting regulatory DNA elements(PLACE) database[J]. Nucl Acids Res, 1999, 27: 297-300.
[10]Lescot M, Déhais P, Thijs G, et al. PlantCARE,a database of plant cisacting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences [J]. Nucl Acids Res, 2002, 30: 325-327.
[11]Ushijima K, Sassa H, Hirano H. Characterization of the flanking regions of the S RNase genes of Japanese pear(Pyrus serotina) and apple(Malus×domestica)[J]. Gene, 1998, 211: 159-167.
[12]Norioka N, Katayama H, Matsuki T, et al. Sequence comparison of the 5′ flanking regions of Japanese pear(Pyrus pyrifolia Naki)SRNases associated with gametophytic selfincompatibility[J]. Sex Plant, 2001, 13: 289-291.
[13]Dissanayake DMRKK, Norioka S, Norioka N, et al. Cisregulatory elements for pistil specific expression in SRNase promoter region of Japanese pear(Pyrus pyrifolia Nakai)[J]. Acta Hort, 2002, 587: 459-465.
[14]Kaufmann H, Salamini F, Thompson R D. Sequence variability and gene structure at the selfincompatibility locus of Solanum tuberosum[J]. Mol Gen Genet, 1991, 226:4 57 -466.
[15]Coleman C E, Kao Th. The 5′ flanking regions of two Petunia inflata S alleles are heterogeneous and repetitive sequences[J]. Plant Mol Biol, 1992, 18: 499-511.
[16]Chung I K, Lee S Y, Ito T, et al. The 5′ flanking sequences of two S alleles in Lycopersicon peruvianum are highly heterologous but contain short blocks of homologous sequences[J]. Plant Cell Physiol, 1995, 36: 1621-1627.
[17]Matton D P, Mau S L, Okamoto S, et al. The Slocus of Nicotiana alata: genomic organization and sequence analysis of two SRNase alleles[J]. Plant Mol Biol, 1995, 28: 847-858.
[18]Morgan D R, Soltis D E, Robertson K R. Systematic and evolutionary implications of rbcL sequence variation in Rosaceae[J]. Am J Bot, 1994, 81: 890-903.
[19]Prell H. Das problem der unfruchtbarkeit[J]. Nature Wochschr, N F, 1921, 20: 440- 446. (责任编辑郑琰燚)第34卷第4期2010年7月南京林业大学学报(自然科学版)Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition)Vol.34, No.4Jul., 2010

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[1]	马坛, 田野, 王书军, 李文昊, 段启英, 张庆源. 不同性别南方型黑杨无性系叶片对土壤短期间歇性干旱的生理响应[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(3): 172-180.
[2]	王改萍, 章雷, 曹福亮, 丁延朋, 赵群, 赵慧琴, 王峥. 红蓝光质对银杏苗木生长生理特性及黄酮积累的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 105-112.
[3]	宋子琪, 卞国良, 林峰, 胡凤荣, 尚旭岚. 流式细胞仪鉴定青钱柳倍性方法的建立及其应用[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 61-68.
[4]	孙旭高, 陶家璐, 谢微, 石洁, 张宝津, 邓小梅. 米老排优树组培技术体系优化研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 69-78.
[5]	顾宸瑞, 袁启航, 姜静, 穆怀志, 刘桂丰. 基于转录组测序的关联分析定位裂叶桦叶形调控基因[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 39-46.
[6]	杨蕴力, 曹俐, 王阳, 顾宸瑞, 陈坤, 刘桂丰. BpGLK1基因干扰表达对裂叶桦叶色及生长的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 18-28.
[7]	王伟, 邱志楠, 李爽, 白向东, 刘桂丰, 姜静. CRISPR/Cas9核糖核蛋白介导的无T-DNA插入的白桦BpGLK1精准突变[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 11-17.
[8]	国颖, 杨港归, 吴雨涵, 何杰, 何玉洁, 廖浩然, 薛良交. DNA甲基化调控植物组织培养过程的分子机制研究进展[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 1-8.
[9]	陈俊娜, 王晓宇, 陈晨, 彭辉武, 陈娟, 黄卫和, 喻方圆. BR对东京野茉莉种子中脂肪酸合成相关酶活性及油脂积累的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 35-41.
[10]	宫楠, 祖鑫, 解志军, 朱长红, 李淑娴. 紫荆种子吸胀和层积过程中不同相态水分变化的核磁共振检测[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 42-50.
[11]	王章荣, 季孔庶, 徐立安, 邹秉章, 林能庆, 林景泉. 马尾松实生种子园营建技术、现实增益及多世代低成本经营新模式探讨[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 9-16.
[12]	欧阳, 欧阳芳群, 孙猛, 王超, 王军辉, 安三平, 王丽芳, 许娜, 王猛. 欧洲云杉无性系幼龄生长节律、年度和密度互作效应及选择策略[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 95-104.
[13]	罗芊芊, 李峰卿, 肖德卿, 邓章文, 王建华, 周志春. 两个南方红豆杉天然居群的交配系统分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(5): 80-86.
[14]	郭伟, 韩秀, 张利, 王迎, 杜辉, 燕语, 孙忠奎, 张林, 李国华, 罗磊. 青檀扦插苗对不同氮素水平的形态、光合生理响应和转录组分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(5): 87-96.
[15]	刘蓉, 吴德军, 王因花, 任飞, 李丽, 燕丽萍, 周晓锋. 白蜡花粉最佳离体萌发培养基筛选[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(3): 70-76.

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