中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测

doi:10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005

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南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2010, Vol. 34 ›› Issue (04): 21-25.doi: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005

中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测

乌云塔娜¹,²，刘学英¹，李振国³

1.中南林业科技大学，经济林育种与栽培国家林业局重点实验室，湖南长沙410004；2.中南林业科技大学林学院，湖南长沙410004；3.内蒙古赤峰市克什克腾旗黄岗梁林场，内蒙古赤峰025350

出版日期:2010-08-06 发布日期:2010-08-06
基金资助:
收稿日期：2009-10-21修回日期：2010-04-26基金项目：湖南省科技计划项目(K0904005-21)；湖南省教育厅科学研究项目(5014)；长沙市科技局科研项目(101-4586)作者简介：乌云塔娜(1975—)，副教授。Email: tanatana@sina.com。引文格式：乌云塔娜,刘学英,李振国. 中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR克隆及功能预测[J]. 南京林业大学学报:自然科学版,2010,34(4):21-25.

Clone and functional prediction of SRNase promoter regions in Chinese pear

WUYUNTana¹,², LIU Xueying¹, LI Zhenguo³

1.The Key Lab of Nonwood Forest Product of Forestry Ministry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha 410004, China; 2.School of Forestry Central South University of Forestry and Technology, Changsha 410004, China; 3.Huanggangliang Forest Farm of Keshiketengqi, Chifeng 025350, China

Online:2010-08-06 Published:2010-08-06

摘要/Abstract

摘要： 利用TAILPCR技术从中国砂梨品种‘金花’、‘懋功’及白梨品种‘鸭梨’基因组DNA中分别扩增出长度为854、1 448和1 137 bp的S13-、S12-、S21-RNase基因5′端上游序列，并提交 GenBank，序列号为HM047239、HM047240、HM047241。经PLACE和PlantCARE软件顺式调控元件预测发现，这3个启动子均具有典型核心启动子TATA 盒和 CAAT 盒，且在上游均存在光应答调控元件(box 4，Gbox)、脱落酸应答元件ABRE及水杨酸应答元件TCAelement等，由此可知其可能受光照、脱落酸、水杨酸等多种条件的共同调节。此外，与已知日本梨S2-、S3-、S4-、S5-RNase基因启动子序列比对发现，SRNase启动子TATA盒上游存在一约200 bp的同源区域。以MEG 4.0构建系统发育树表明，梨属和苹果属SRNase等位基因多态性可能在亚科的分化之前就已形成。

Abstract: Using TAILPCR, 5′flanking regions of the S13, S12, S21RNase genes with a length of 854 bp, 1 448 bp and 1 137 bp were successfully isolated from ‘Jinhua ’and ‘Maogong’(Pyrus pyrifolia) and ‘Yali’(Pyrus bretschneideri) genomic DNA, the GenBank numbers are HM047239, HM047240 and HM047241. The core promoter regions and some upstream regulatory elements in the three fragments were analyzed using PLACE and PlantCARE software. It is found that all of these genes have the putative TATA box and CAAT box, and the promoters were affected by a variety of conditions as light, ABA, salicylic acid. Alignment analysis for promoter sequences of S13, S12, S21 with 5′flanking sequences of S2, S3, S4, S5 revealed a homologous region of about 200 bp in the upstream sequences of the TATA box in SRNase promoters. Phylogenetic tree constructed by MEG 4.0 suggests that the divergence of SRNase gene was formed before the differentiation of subfamilies.

中图分类号:

S722

乌云塔娜,刘学英,李振国. 中国梨SRNase基因启动子的TAILPCR 克隆及功能预测[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2010, 34(04): 21-25.

WUYUNTana,, LIU Xueying, LI Zhenguo. Clone and functional prediction of SRNase promoter regions in Chinese pear[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2010, 34(04): 21-25.DOI: 10.3969/j.jssn.1000-2006.2010.04.005.

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