杉木SRAP-PCR体系优化

doi:10.3969/j.issn.1000-2006.2014.01.003

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南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2014, Vol. 38 ›› Issue (01): 15-20.doi: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.01.003

杉木SRAP-PCR体系优化

王新民¹,郑仁华²,陈金慧¹,赵亚琦¹,徐阳¹,王颖¹,施季森^1*

1.南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京 210037;
2.福建省林业科学研究院,福建福州 350012

出版日期:2014-01-15 发布日期:2014-01-15
基金资助:
收稿日期:2013-07-26 修回日期:2013-11-20
基金项目:国家林业公益性行业科研专项项目(201004049); 国家自然科学基金重点项目(30930077); 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
第一作者:王新民,硕士生。*通信作者:施季森,教授。E-mail: jshi@njfu.edu.cn。
引文格式:王新民,郑仁华,陈金慧,等. 杉木SRAP-PCR体系优化[J]. 南京林业大学学报:自然科学版,2014,38(1):15-20.

Optimization of Chinese fir SRAP-PCR system

WANG Xinmin¹,ZHENG Renhua²,CHEN Jinhui¹,ZHAO Yaqi¹,XU Yang¹,WANG Ying¹,SHI Jisen^1*

1.Key Laboratory of Forest Genetics and Biotechnology of Ministry of Education,Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, China;
2. Fujian Academy of Forestry Sciences, Fuzhou 350012,China

Online:2014-01-15 Published:2014-01-15

摘要/Abstract

摘要： 为建立杉木SRAP-PCR反应体系,利用L₁₆(4⁵)正交设计对影响杉木SRAP-PCR反应体系的Mg²⁺、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5种因素的4个水平进行优化实验,结合正交直观分析和方差分析,对影响反应较大的Mg²⁺、dNTPs和引物浓度进行单因素实验,最终确定杉木SRAP-PCR最佳的反应体系为:在20 μL的PCR反应体系中,Mg²⁺浓度为2.25 mmol/L、dNTPs为0.15 mmol/L、引物浓度为0.4 μmol/L、Taq酶为1.5 μmol/min、模板DNA为60 ng,10×PCR Buffer 2 μL,不足部分用双蒸水补充至20 μL。PCR反应程序的两步最适退火温度第1步为35 ℃,第2步为53 ℃。利用上述反应体系进行杉木PCR扩增,能得到清晰、稳定的条带。

Abstract: In order to optimize SRAP-PCR reaction system for Chinese fir,the orthogonal design L₁₆(4⁵)was considered with different concentrations of Mg²⁺, dNTPs, primer, Taq DNA polymerase and DNA template in SRAP-PCR reaction system for Chinese fir. The results of PCR were evaluated by visual and variance analysis,then the concentrations of Mg²⁺,dNTPs,primer were rectified with single-factor design. Finally,the results showed that the best reaction system was the combination in 20 μL reaction solution,containing of Mg²⁺ 2.25 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,primer 0.4 μmol/L,Taq DNA polymerase1.5 μmol/min and DNA template 60 ng,2 μL10×PCR Buffer and ddH₂O to 20 μL. The first optimal annealing temperature was 35 ℃,and the second step was 53 ℃. The optimized reaction system of Chinese fir described above can get clear and stable bands.

中图分类号:

S722
Q81

王新民,郑仁华,陈金慧,等. 杉木SRAP-PCR体系优化[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2014, 38(01): 15-20.

WANG Xinmin,ZHENG Renhua,CHEN Jinhui,ZHAO Yaqi,XU Yang,WANG Ying,SHI Jisen. Optimization of Chinese fir SRAP-PCR system[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2014, 38(01): 15-20.DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.01.003.

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