基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证

doi:10.12302/j.issn.1000-2006.202405026

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南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2024, Vol. 48 ›› Issue (4): 12-24.doi: 10.12302/j.issn.1000-2006.202405026

所属专题：专题报道Ⅰ：郑万钧先生诞辰120周年纪念专题Ⅱ

• 专题报道Ⅰ：郑万钧先生诞辰120周年纪念专题Ⅱ（执行主编曹福亮、尹佟明、李维林、方升佐） • 上一篇下一篇

基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证

王一涵¹(), 刘姣姣¹, 金沛权¹, 李书情¹, 魏建芬², 郭朋¹, 尚富德¹^,^*()

1.河南农业大学生命科学学院,河南省桂花种质创新与资源利用工程研究中心, 河南郑州 450046
2.杭州桂花国家种质资源库, 浙江杭州 310020

收稿日期:2024-05-15 修回日期:2024-06-07 出版日期:2024-07-30 发布日期:2024-08-05
通讯作者: *尚富德(shangfude@henau.edu.cn),教授。
作者简介:
王一涵(yihanwang@vip.163.com),副教授。
基金资助:
国家自然科学基金项目(32371911);河南省重大公益专项(201300110900)

Construction of molecular ID for Osmanthus fragrans cultivars based on phenotypic traits and single nucleotide polymorphisms (SNPs)

WANG Yihan¹(), LIU Jiaojiao¹, JIN Peiquan¹, LI Shuqing¹, WEI Jianfen², GUO Peng¹, SHANG Fude¹^,^*()

1. College of Life Sciences, Henan Agricultural University, Henan Engineering Research Center for Osmanthus Germplasm Innovation and Resource Utilization, Zhengzhou 450046, China
2. National Osmanthus Germplasm Resource Repository, Hangzhou 310020, China

Received:2024-05-15 Revised:2024-06-07 Online:2024-07-30 Published:2024-08-05

摘要/Abstract

摘要：

【目的】筛选核心单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立基于KASP平台的桂花(Osmanthus fragrans)品种基因型快速检测方法,构建品种特异性分子身份证,为桂花品种鉴定、溯源、知识产权保护等提供理论基础。【方法】实地调查主流桂花栽培品种的重要表型特征。通过两轮严格筛选,从基因组SNP中保留一组能够完全鉴别测序品种的最优SNP标记,计算SNP 位点的多态信息含量(PIC)、期望杂合度(H_e)等信息。以‘日香桂’(‘Rixianggui’)基因组为参考,设计桂花特异性KASP引物并进行批量扩增,根据基因分型结果建立品种指纹图谱,评估核心SNP标记的品种鉴别力。结合品种表型信息码和品种分子指纹码构建桂花品种资源的分子身份证。【结果】筛选出14个能够完全鉴别测序品种的核心SNP位点。各位点PIC值的变化范围为0.246~0.375,平均值为0.335;H_e的变化范围为 0.288~0.500,平均值为0.431。针对核心位点设计的KASP引物基因分型准确。根据扩增结果构建DNA指纹图谱,可区分全部包括未测序品种在内的90个参试品种。对品种表型特征赋值,结合指纹码构建由34位数字组成的桂花品种资源分子身份证。【结论】确定了SNP1—SNP14共14个核心SNP位点,能够实现至少90个桂花品种的有效鉴别。结合品种群类型、表型特征和分子指纹码构建了90个桂花品种的唯一分子身份证,并生成对应的条形码和二维码。

关键词: 桂花, 品种鉴别, 单核苷酸多态性, 表型性状, 分子身份证

Abstract:

【Objective】This study selected core genomic single-nucleotide polymorphism (SNP) loci to establish a rapid SNP genotyping method on the KASP platform, and to construct molecular IDs for Osmanthus fragrans cultivars. This study provides a theoretical foundation for identifying, tracing and protecting the intellectual property of O. fragrans cultivars.【Method】Field surveys were conducted to investigate key phenotypic characteristics of O. fragrans cultivars. Following two rounds of rigorous screening, we identified a set of core SNP markers capable of completely distinguishing previously sequenced cultivars. Subsequently, we analyzed the polymorphic information content (PIC) and expected heterozygosity (H_e) of each SNP locus. Using the genome sequences of ‘Rixianggui’ as a reference, species-specific KASP primers were designed for PCR amplification. Based on the genotyping results, we constructed cultivar DNA fingerprints and assessed the efficiency of core SNP markers for cultivar identification. Molecular IDs for O. fragrans cultivars were established by integrating phenotypic information codes with molecular fingerprint codes.【Result】We retained a total of 14 core SNP loci from genomic SNPs that fully discriminated the sequenced cultivars. The PIC values of these loci ranged from 0.246 to 0.375, with an average of 0.335, and the H_e indices ranged from 0.288 to 0.500, averaging 0.431. The KASP primers designed for these core SNP loci produced accurate genotyping results, enabling us to construct DNA fingerprints capable of distinguishing all 90 tested cultivars, including those not previously sequenced. Each cultivar was assigned a molecular ID composed of 34 digits.【Conclusion】In conclusion, 14 core SNP loci (SNP1 to SNP14) were identified that effectively discriminate among at least 90 O. fragrans cultivars. Unique molecular ID codes were constructed using DNA fingerprint codes along with serial codes derived from cultivar group types and phenotypic characteristics. Finally, barcode and quick response (QR) codes were generated for each cultivar.

Key words: Osmanthus fragrans, cultivar identification, single nucleotide polymorphism (SNP), phenotype, molecular ID

中图分类号:

王一涵,刘姣姣,金沛权,等. 基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(4): 12-24.

WANG Yihan, LIU Jiaojiao, JIN Peiquan, LI Shuqing, WEI Jianfen, GUO Peng, SHANG Fude. Construction of molecular ID for Osmanthus fragrans cultivars based on phenotypic traits and single nucleotide polymorphisms (SNPs)[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2024, 48(4): 12-24.DOI: 10.12302/j.issn.1000-2006.202405026.

图/表 10

附表1

90份供试桂花种质资源信息"

编号 No.	采样地点 sampling sites	品种名称 cultivar name	品种群 cultivar group	英国皇家园艺学会比色卡比值 RHSCC	花色 flower color	花香 floral fragrance	新梢顶芽和腋芽总数 number of terminal and axillary buds per shoot	每花序小花数量 number of flowers per inflorescence	结实性 fertility
1	河南省信阳市潢川金桂园	橙香丹桂	丹桂	23A	橙	微香	18.00	6.44	否
2	河南省信阳市潢川金桂园	潢川金桂	金桂	10B	黄	中香	21.14	6.28	是
3	河南省开封市河南大学金明校区	鄂橙	丹桂	N25B	橙	中香	22.11	5.89	否
4	河南省开封市河南大学金明校区	娇容	丹桂	23A	橙	中香	15.33	4.89	否
5	河南省开封市河南大学金明校区	象山丹桂	丹桂	N25B	橙	浓香	21.56	5.00	是
6	河南省开封市河南大学金明校区	金狮桂	金桂	6C	黄	中香	23.00	7.00	否
7	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	齿丹桂	丹桂	25B	橙	微香	11.44	5.11	否
8	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	橙红丹桂	丹桂	28A	橙	中香	13.56	6.11	是
9	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	红桂	丹桂	25A	橙	中香	22.33	6.78	是
10	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	火炼金丹	丹桂	29A	橙	微香	14.22	6.89	否
11	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	莲籽丹桂	丹桂	25B	橙	微香	21.56	6.11	否
12	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	满条红	丹桂	N25B	橙	中香	11.00	6.89	否
13	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	平脉丹桂	丹桂	N25B	橙	中香	12.22	6.56	否
14	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	软叶丹桂	丹桂	24A	橙	中香	9.44	4.89	否
15	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	上海丹桂	丹桂	23A	橙	中香	20.33	5.89	否
16	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	桃叶丹桂	丹桂	23A	橙	中香	8.22	9.44	否
17	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	晚霞	丹桂	25A	橙	中香	14.00	6.22	否
18	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	武夷丹桂	丹桂	25A	橙	微香	20.11	6.11	否
19	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	雄黄桂	丹桂	26A	橙	微香	11.67	6.56	否
20	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	小叶丹桂	丹桂	24A	橙	中香	26.00	8.33	否
21	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	堰虹桂	丹桂	25A	橙	中香	13.33	6.00	否
22	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	硬叶丹桂	丹桂	23B	橙	中香	23.33	5.89	否
23	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	醉肌红	丹桂	25B	橙	中香	22.11	5.33	否
24	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	朱砂丹桂	丹桂	25A	橙	微香	31.11	5.89	否
25	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	状元红	丹桂	28B	橙	中香	11.33	5.11	否
26	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	编金桂	金桂	10A	黄	浓香	10.00	6.22	否
27	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	长瓣金桂	金桂	14C	黄	中香	11.00	6.33	否
28	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	长柄金桂	金桂	12D	白	中香	20.44	6.56	否
29	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	丛中笑	金桂	13C	黄	中香	22.33	8.00	是
30	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	大花金桂	金桂	12C	黄	浓香	20.22	5.11	否
31	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	大叶黄	金桂	11B	黄	浓香	7.89	5.00	否
32	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	大叶金桂	金桂	11C	黄	浓香	24.67	8.56	是
33	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	芙蓉桂	金桂	3C	黄	中香	31.44	6.00	否
34	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	杭州黄	金桂	2D	黄	中香	9.22	4.89	否
35	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	黑珍珠	金桂	2D	黄	微香	22.00	6.44	否
36	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	金桂河边	金桂	7A	黄	中香	20.11	5.89	否
37	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	金球桂	金桂	4C	黄	中香	37.89	6.00	否
38	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	金秋早	金桂	1C	白	中香	32.56	6.33	否
39	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	镰叶金桂	金桂	1D	黄	微香	39.33	6.22	否
40	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柳叶黄	金桂	4C	黄	中香	13.11	6.00	否
41	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柳叶金桂	金桂	10A	黄	中香	25.00	4.89	否
42	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柳叶苏桂	金桂	5C	黄	浓香	33.00	8.56	否
43	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	漓锗金桂	金桂	11A	黄	中香	10.33	8.11	否
44	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	球桂	金桂	7D	黄	中香	12.11	8.89	否
45	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	软叶金桂	金桂	5C	黄	中香	22.89	4.33	是
46	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	山茶金桂	金桂	4D	白	中香	8.78	5.44	否
47	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	速生金桂	金桂	3C	黄	浓香	36.22	7.00	否
48	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	小花金桂	金桂	4D	白	浓香	22.33	4.44	否
49	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	湘金	金桂	15B	黄	中香	12.33	5.00	否
50	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	小叶金桂	金桂	5C	黄	中香	6.56	8.33	是
51	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	圆瓣金桂	金桂	10B	黄	中香	36.11	5.33	否
52	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柱冠金桂	金桂	9A	黄	浓香	8.44	6.11	是
53	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	早秋红	金桂	163C	黄	中香	32.11	6.90	是
54	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	橙黄四季桂	四季桂	13C	黄	浓香	19.00	8.00	否
55	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	淡妆	四季桂	4C	黄	微香	22.89	5.44	是
56	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	墨宝香	四季桂	7C	黄	中香	10.78	6.78	否
57	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	日香桂黄	四季桂	4A	黄	中香	22.33	6.00	否
58	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	日香桂	四季桂	4C	黄	浓香	26.89	8.00	否
59	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	四季桂	四季桂	4A	黄	中香	11.11	6.00	否
60	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	天女散花	四季桂	7B	黄	中香	20.11	5.67	否
61	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	天香台阁	四季桂	11A	黄	中香	11.11	6.67	否
62	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	圆叶四季桂	四季桂	3C	黄	微香	9.11	5.11	否
63	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	白洁	银桂	1D	白	微香	8.67	5.00	是
64	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	波叶银桂	银桂	2D	黄	中香	10.11	4.89	否
65	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柴桂	银桂	2A	黄	中香	10.56	4.78	否
66	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	长叶碧珠	银桂	5A	黄	中香	21.89	4.67	否
67	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	串银球	银桂	4D	白	浓香	22.33	8.67	否
68	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	长叶银桂	银桂	5D	黄	微香	13.11	5.33	否
69	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	大叶银桂	银桂	5D	黄	中香	10.33	2.89	是
70	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	宽叶籽银	银桂	6D	黄	中香	23.00	5.33	是
71	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	绿梗籽银	银桂	4C	黄	中香	33.44	6.00	是
72	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	柳叶桂	银桂	6C	黄	中香	24.11	6.56	否
73	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	密结银桂	银桂	8B	黄	浓香	21.22	5.11	否
74	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	青尖	银桂	11A	黄	浓香	22.78	6.67	否
75	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	速生银桂	银桂	3C	黄	浓香	11.22	6.11	否
76	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	晚银桂	银桂	8D	黄	中香	19.00	6.11	否
77	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	尾叶银桂	银桂	12B	黄	浓香	25.89	8.11	否
78	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	秀丽银桂	银桂	7B	黄	浓香	23.33	7.11	否
79	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	香云	银桂	4C	黄	微香	32.56	4.56	否
80	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	小叶苏桂	银桂	4B	黄	浓香	23.00	8.78	否
81	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	玉帘碧珠	银桂	1D	黄	中香	7.33	6.11	否
82	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	玉玲珑	银桂	10A	黄	浓香	30.22	8.78	否
83	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	玉帘银丝	银桂	2C	黄	中香	9.89	6.78	否
84	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	杨梅叶银桂	银桂	13B	黄	浓香	10.56	5.00	否
85	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	银星	银桂	9B	黄	中香	22.22	5.00	否
86	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	银盏碧珠	银桂	5B	黄	中香	24.33	6.56	否
87	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	玉柱	银桂	4A	黄	中香	19.44	6.33	否
88	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	中华龙桂	银桂	157C	白	微香	10.78	7.67	否
89	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	籽银桂	银桂	5B	黄	中香	27.33	8.11	是
90	浙江省杭州市余杭区国家桂花种质资源库	早银桂	银桂	10B	黄	微香	25.44	8.33	否

附表1

图1

图2

表1

表2

14个核心SNP位点的KASP引物信息"

SNP名称 SNP name	引物编号 primer No.	引物序列 primer sequence
	SEQ ID NO.1	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGATCCCAGCGGAAAGCCATTTC
SNP1	SEQ ID NO.2	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGATCCCAGCGGAAAGCCATTTT
	SEQ ID NO.3	GATCGCCGGCGTAGCAGAAGAC
	SEQ ID NO.4	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTCAACTGCTGCTTTCTGATCCC
SNP2	SEQ ID NO.5	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTTCAACTGCTGCTTTCTGATCCT
	SEQ ID NO.6	CATTCTTGAAATGGATTGTTCCGAGGC
	SEQ ID NO.7	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAAAACCTATACGAGTCTAAGCCC
SNP3	SEQ ID NO.8	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGAAAACCTATACGAGTCTAAGCCT
	SEQ ID NO.9	AATGTTACAGGAAGATGTGGCTTTATTAAAG
	SEQ ID NO.10	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGTTTTTGGGGTTCTGCTTTCG
SNP4	SEQ ID NO.11	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCATGGTTTTTGGGGTTCTGCTTTCA
	SEQ ID NO.12	GGCAAGTCCAATGAAGAATGTTTCCAG
	SEQ ID NO.13	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGATGAACAAGGTTGGGTACATACC
SNP5	SEQ ID NO.14	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGATGAACAAGGTTGGGTACATACG
	SEQ ID NO.15	CCCTCGTCATCAAAATAGCCAAGATC
	SEQ ID NO.16	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCAAGTCCATGCAGTATCCTC
SNP6	SEQ ID NO.17	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTAGCAAGTCCATGCAGTATCCTT
	SEQ ID NO.18	CTTCAGAGTAATTCACAAGCAAAATTTACCC
	SEQ ID NO.19	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCACATTCGCCTCGATCTCC
SNP7	SEQ ID NO.20	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTACCACATTCGCCTCGATCTCT
	SEQ ID NO.21	GATTTCCCGTGGACTCCCTTACTG
	SEQ ID NO.22	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCAGATACCTTATTTACAGGTCCA
SNP8	SEQ ID NO.23	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCAGATACCTTATTTACAGGTCCC
	SEQ ID NO.24	TACATTATGAGGATAAAAACACTCATTATGTATG
	SEQ ID NO.25	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCACCAACTTCTGGAAGCTTAC
SNP9	SEQ ID NO.26	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTGCACCAACTTCTGGAAGCTTAT
	SEQ ID NO.27	CGTCACCTCAGATGACGTCAAACTC
	SEQ ID NO.28	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTCTCCGGCATTGTTTTTCCTTCA
SNP10	SEQ ID NO.29	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTCTCCGGCATTGTTTTTCCTTCT
	SEQ ID NO.30	TTCAGAGCTATCTGATAAAATGGCTGAG
	SEQ ID NO.31	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCAAAATGTGAACTTTGTTTACATGACG
SNP11	SEQ ID NO.32	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTATACAAAATGTGAACTTTGTTTACATGACT
	SEQ ID NO.33	GTTCCATTGTATCATCGAATATTGCAGTG
	SEQ ID NO.34	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCAACATAATTATGGAGAAGATGCAAA
SNP12	SEQ ID NO.35	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCAACATAATTATGGAGAAGATGCAAC
	SEQ ID NO.36	CTCCAACATGCGAGTCGAGGGC
	SEQ ID NO.37	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGGTGAAGAAGTAATGGAGTTTGTC
SNP13	SEQ ID NO.38	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAATGGTGAAGAAGTAATGGAGTTTGTT
	SEQ ID NO.39	AAGGTGGGACCAAACCGAGCAC
	SEQ ID NO.40	GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCAATATACAGGACGCTGAATTGAT
SNP14	SEQ ID NO.41	GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCCAATATACAGGACGCTGAATTGAG
	SEQ ID NO.42	GCACCAATCACTTCTGGATCATTGAATG

表2

图3

图4

图5

表3

90份桂花品种的种质资源信息编码与指纹码转换"

编号 code	品种 cultivar	品种群编码 cultivar group code	品种特征编码 information code	指纹码 fingerprint code
1	‘橙香丹桂’‘Chengxiang Dangui’	3	321120	2233211133214413334124133442
2	‘潢川金桂’‘Huangchuan Jingui’	1	112231	1133211133223411344144133442
3	‘鄂橙’‘Echeng’	3	322210	2133211133224411344144133322
4	‘娇容’‘Jiaorong’	3	322110	2134211133213411334124134422
5	‘象山丹桂’‘Xiangshan Dangui’	3	323221	1133221132223411444144133322
6	‘金狮桂’‘Jinshigui’	1	112220	2144211133113311334444333422
7	‘齿丹桂’‘Chidangui’	3	321110	2134211132214413341124133322
8	‘橙红丹桂’‘Chenghong Dangui’	3	322121	1133222122113311331122333442
9	‘红桂’‘Honggui’	3	322221	2133211133214413334124133442
10	‘火炼金丹’‘Huolian Jindan’	3	321120	2134212133213411344424113422
11	‘莲籽丹桂’‘Lianzi Dangui’	3	321220	1134211133213411334424333442
12	‘满条红’‘Mantiaohong’	3	322120	2133211133214413334422133342
13	‘平脉丹桂’‘Pingmai Dangui’	3	322120	2134222132223311341144333342
14	‘软叶丹桂’‘Ruanye Dangui’	3	322110	2133211133224411344124113322
15	‘上海丹桂’‘Shanghai Dangui’	3	322210	2134222233114413344122134442
16	‘桃叶丹桂’‘Taoye Dangui’	3	322130	2234211133214413341122133322
17	‘晚霞’‘Wanxia’	3	322120	2134212133213411334124113422
18	‘武夷丹桂’‘Wuyi Dangui’	3	321220	2134211133213411334124134442
19	‘雄黄桂’‘Xionghuanggui’	3	321120	1133221132213411331124333442
20	‘小叶丹桂’‘Xiaoye Dangui’	3	322230	1133221132223411444444333322
21	‘堰虹桂’‘Yanhonggui’	3	322120	1133222133113311331122333442
22	‘硬叶丹桂’‘Yingye Dangui’	3	322210	2234222132223411334124133442
23	‘醉肌红’‘Zuijihong’	3	322210	2133211133224411344122133322
24	‘朱砂丹桂’‘Zhusha Dangui’	3	321310	2134211133223411331144333422
25	‘状元红’‘Zhuangyuanhong’	3	322110	2134211133223411334144333422
26	‘编金桂’‘Bianjingui’	1	113120	2234222133213411334424333442
27	‘长瓣金桂’‘Changban Jingui’	1	112120	2144221132223413331144333344
28	‘长柄金桂’‘Changbing Jingui’	1	102220	2233222133213411331124333444
29	‘丛中笑’‘Congzhongxiao’	1	112221	2133222132223411341144333342
30	‘大花金桂’‘Dahua Jingui’	1	113210	2234211133223411334124134442
31	‘大叶黄’‘Dayehuang’	1	113120	2233222133223411331124333444
32	‘大叶金桂’‘Daye Jingui’	1	113231	2133222233213413334122113342
33	‘芙蓉桂’‘Furonggui’	1	112320	2133222133223313334124134442
34	‘杭州黄’‘Hangzhouhuang’	1	112110	1144212133224413341124133422
35	‘黑珍珠’‘Heizhenzhu’	1	111220	2233222133213413334144133442
36	‘金桂河边’‘Jingui Hebian’	1	112210	1133212133113311344422134442
37	‘金球桂’‘Jinqiugui’	1	112320	2134212233213411344124113422
38	‘金秋早’‘Jinqiuzao’	1	102320	1133222133113313334124334422
39	‘镰叶金桂’‘Lianye Jingui’	1	111320	2133221133223411334144114442
40	‘柳叶黄’‘Liuyehuang’	1	112120	2233221133213333334424113444
41	‘柳叶金桂’‘Liuye Jingui’	1	112210	2233221133223411334144113442
42	‘柳叶苏桂’‘Liuye Sugui’	1	113330	2233221133214411334124334422
43	‘漓锗金桂’‘Lizhe Jingui’	1	112130	1133222133113311344424134442
44	‘球桂’‘Qiugui’	1	112130	1134222132223411344144134422
45	‘软叶金桂’‘Ruanye Jingui’	1	112211	2233221132213313331144133444
46	‘山茶金桂’‘Shancha Jingui’	1	102110	2133222133214411334422334422
47	‘速生金桂’‘Susheng Jingui’	1	113320	1133112133113311344424134442
48	‘小花金桂’‘Xiaohua Jingui’	1	103210	1134212132213411444124333422
49	‘湘金’‘Xiangjin’	1	112120	2134212133213411344124113422
50	‘小叶金桂’‘Xiaoye Jingui’	1	112131	2133222233213411334444334422
51	‘圆瓣金桂’‘Yuanban Jingui’	1	112310	2133222133214411334424334422
52	‘柱冠金桂’‘Zhuguan Jingui’	1	113121	1144212232223411331124334422
53	‘早秋红’‘Zaoqiuhong’	1	112321	2234221132113413334124134442
54	‘橙黄四季桂’‘Chenghuang Sijigui’	4	413120	2133221132213411334124333322
55	‘淡妆’‘Danzhuang’	4	411211	1144221133213433331144333342
56	‘墨宝香’‘Mobaoxiang’	4	412120	1134222132223411334144333442
57	‘日香桂黄’‘Rixiang Guihuang’	4	412220	1134222222223311331144134444
58	‘日香桂’‘Rixianggui’	4	413220	2133222233213311334422113342
59	‘四季桂’‘Sijigui’	4	412120	2133211132214413344124134442
60	‘天女散花’‘Tiannv Sanhua’	4	412210	2134212133223413344444333422
61	‘天香台阁’‘Tianxiang Taige’	4	412120	2133222132223411334124333422
62	‘圆叶四季桂’‘Yuanye Sijigui’	4	411110	2234211132223413344144134442
63	‘白洁’‘Baijie’	2	201121	2244212133114413344424333444
64	‘波叶银桂’‘Boye Yingui’	2	212110	2134222233213411334122113342
65	‘柴桂’‘Chaigui’	2	212110	2234222132213313341144334444
66	‘长叶碧珠’‘Changye Bizhu’	2	212210	2144222133224411334444333444
67	‘串银球’‘Chuanyinqiu’	2	203230	2134222232213311331124333442
68	‘长叶银桂’‘Changye Yingui’	2	211110	2233222132223411334124133442
69	‘大叶银桂’‘Daye Yingui’	2	212111	2134221133214413334124133422
70	‘宽叶籽银’‘Kuanye Ziyin’	2	212211	2144221133213411334144333344
71	‘绿梗籽银’‘Lvgeng Ziyin’	2	212321	1134221133224413334124133322
72	‘柳叶桂’‘Liuyegui’	2	212220	1144221133214411441124333422
73	‘密结银桂’‘Mijie Yingui’	2	213210	1134222122223313334122133442
74	‘青尖’‘Qingjian’	2	213220	2134221132214411344144134422
75	‘速生银桂’‘Susheng Yingui’	2	213120	2134212133213411344124113442
76	‘晚银桂’‘Wanyingui’	2	212120	2234222133214413334124133342
77	‘尾叶银桂’‘Weiye Yinggui’	2	213230	2234112133213411344124113422
78	‘秀丽银桂’‘Xiuli Yingui’	2	213220	1144212133223311331124334422
79	‘香云’‘Xiangyun’	2	211310	1144222133224411334444333444
80	‘小叶苏桂’‘Xiaoye Sugui’	2	213230	1133211133224411344444113422
81	‘玉帘碧珠’‘Yulian Bizhu’	2	212120	1134222132213333334424133342
82	‘玉玲珑’‘Yulinglong’	2	213330	1134211133224411344444113422
83	‘玉帘银丝’‘Yulian Yinsi’	2	212120	2133222233213411334422113342
84	‘杨梅叶银桂’‘Yangmeiye Yingui’	2	213120	2133221133223411334144113442
85	‘银星’‘Yinxing’	2	212220	2134222233113413334122113342
86	‘银盏碧珠’‘Yinzhan Bizhu’	2	212220	2233221133213411334122133422
87	‘玉柱’‘Yuzhu’	2	212120	2233222132213413334124133444
88	‘中华龙桂’‘Zhonghua Longgui’	2	201120	1134222132223313334444333442
89	‘籽银桂’‘Ziyingui’	2	212231	2234221133224411441124133422
90	‘早银桂’‘Zaoyingui’	2	211230	2234112233223411334122334444

表3

附图1

参考文献 57

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SNP名称 SNP name	染色体 chromosome	物理位置 position	所在基因 gene	基因注释 gene annotation	变异类型 variation type	次要等位基因频率 MAF	多态信息含量 PIC	H_e
SNP1	1	2 570 938	VPS35B	液泡分选相关蛋白35B vacuolar protein sorting-associated protein 35B	TS	0.483	0.375	0.499
SNP2	2	27 947 738	E5.1.3.15	葡萄糖-6-磷酸-1-差向异构酶 glucose-6-phosphate 1-epimerase	TS	0.343	0.349	0.451
SNP3	3	24 737 420	GLU	谷氨酸合成酶 glutamate synthase	TS	0.208	0.275	0.329
SNP4	6	3 953 530	MAP65-3	微管相关蛋白(MAP65/ASE1)家族蛋白 microtubule associated protein (MAP65/ASE1) family protein	TS	0.348	0.351	0.454
SNP5	7	4 581 291	4CLL7	4-香豆酸辅酶A连接酶 4-coumarate CoA ligase	TV	0.174	0.246	0.288
SNP6	9	11 920 715	RECQL5	ATP依赖的DNA解旋酶 ATP-dependent DNA helicase	TS	0.360	0.354	0.461
SNP7	11	7 705 120	LDL1	组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶1 lysine-specific histone demethylase 1	TS	0.466	0.374	0.498
SNP8	13	2 4914 140	CASBPX2	环阿屯醇合成酶 cycloartenol synthase 2	TV	0.180	0.251	0.295
SNP9	14	1 455 309	CLASP	微管结合蛋白 CLIP-associated protein	TS	0.202	0.271	0.323
SNP10	15	27 882 455	ABCB19	ATP结合盒亚家族B19 ATP binding cassette subfamily B19	TV	0.489	0.375	0.500
SNP11	18	26 280 736	SCPL7	丝氨酸羧肽酶7 serine carboxypeptidase-like 7	TV	0.427	0.370	0.489
SNP12	23	10 404 919	MCM4	DNA复制许可因子MCM4 DNA replication licensing factor MCM4	TV	0.399	0.365	0.480
SNP13	23	17 820 664	SPPL4	信号肽肽酶4 signal peptide peptidase-like 4	TS	0.489	0.375	0.500
SNP14	23	20 338 374	At4g22670	热休克蛋白70 1 HSP70-interacting protein 1	TV	0.365	0.356	0.464

基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证

Construction of molecular ID for Osmanthus fragrans cultivars based on phenotypic traits and single nucleotide polymorphisms (SNPs)

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