南京林业大学学报(自然科学版) ›› 2014, Vol. 38 ›› Issue (04): 29-33.doi: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.04.006
冯思思1,王建新1,2, 庞晓明1, 邬荣领1*
出版日期:
2014-07-31
发布日期:
2014-07-31
基金资助:
FENG Sisi1, WANG Jianxin1,2, PANG Xiaoming1, WU Rongling1*
Online:
2014-07-31
Published:
2014-07-31
摘要: 半数以上的被子植物是多倍体或在其进化史上出现过多倍体现象,连锁不平衡分析是研究自然群体遗传结构、分化及多样性的重要工具,但这一方法目前仅适用于二倍体自然群体。笔者根据同源四倍体减数分裂的特点推导出计算分子标记间连锁不平衡的统计模型,利用基因频率和基因型频率的关系,以计算机模拟试验验证了模型的有效性,并给出了模型的适用条件,即样本数量为200时,采用该模型估算的平均值可以满足分析要求。
中图分类号:
冯思思,王建新,庞晓明,等. 同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2014, 38(04): 29-33.
FENG Sisi, WANG Jianxin, PANG Xiaoming, WU Rongling. A model for linkage disequilibrium analysis in an autotetraploid natural population[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2014, 38(04): 29-33.DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2014.04.006.
[1] Grant V. Plant Speciation [M]. New York: Columbia University Press, 1981. [2] Müntzing A. The evolutionary significance of autopolyploidy[J]. Hereditas, 1936, 21(2-3): 363-378. [3] Darlington C D. Chromosome behaviour and structural hybridity in the tradescantiae: Ⅱ[J]. Journal of Genetics, 1937, 35(2): 259-280. [4] 乔传卓,吴美枢,戴富宝,等. 菘蓝多倍体育种的研究 [J]. 植物学报,1989,31(9):678-683.Qiao C Z, Wu M S, Dai F B, et al. Studies on polyploidy breeding of Isatis indigotica Fort.[J]. Acta Botanica Sinica, 1989,31(9): 678-683. [5] 丁如贤,郑水庆,邢爱婷,等. 决明多倍体的诱导与鉴定[J]. 中草药,2007,38(2):1090-1092. [6] 彭云霞,王宏霞,李玉萍. 植物多倍体研究综述[J]. 甘肃农业科技,2012(11):29-32.Peng Y X, Wang H X, Li Y P. The research summary of plant polyploidy[J]. Gansu Agr Sci and Techn, 2012(11):29-32. [7] Soltis P S, Soltis D E. The role of genetic and genomic attributes in the success of polyploids[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2000, 97(13): 7051-7057. [8] Abdurakhmonov I Y, Kohel R J, Yu J Z, et al. Molecular diversity and association mapping of fiber quality traits in exotic G. hirsutum L. germplasm[J]. Genomics, 2008, 92(6): 478-487. [9] Jorde L B. Linkage disequilibrium and the search for complex disease genes[J]. Genome research, 2000, 10(10): 1435-1444. [10] Mackay I, Powell W. Methods for linkage disequilibrium mapping in crops[J]. Trends in Plant Science, 2007, 12(2): 57-63. [11] Abdurakhmonov I Y, Saha S, Jenkins J N, et al. Linkage disequilibrium based association mapping of fiber quality traits in G. hirsutum L. variety germplasm[J]. Genetica, 2009, 136(3): 401-417. [12] 杨小红,严建兵,郑艳萍,等.植物数量性状关联分析研究进展[J]. 作物学报,2007,33(4):523-530.Yang X H, Yan J B, Zheng Y P, et al. Reviews of association analysis for quantitative traits in plants[J]. Acta Agronomica Sinica, 2007, 33(4):523-530. [13] Fisher R A. The theory of linkage in polysomic inheritance[J]. Philosophical Transactions of the Royal Society of London: Series B, Biological Sciences, 1947, 233(594): 55-87. [14] Wu R, Gallo-Meagher M, Littell R C, et al. A general polyploid model for analyzing gene segregation in outcrossing tetraploid species[J]. Genetics, 2001, 159(2): 869-882. [15] Julier B. A program to test linkage disequilibrium between loci in autotetraploid species[J]. Molecular Ecology Resources, 2009, 9(3): 746-748. [16] Kremer A, Caron H, Cavers S, et al. Monitoring genetic diversity in tropical trees with multilocus dominant markers[J]. Heredity, 2005, 95(4): 274-280. [17] Stephens J C, Schneider J A, Tanguay D A, et al. Haplotype variation and linkage disequilibrium in 313 human genes[J]. Science, 2001, 293(5529): 489-493. [18] Ardlie K G, Kruglyak L, Seielstad M. Patterns of linkage disequilibrium in the human genome[J]. Nature Reviews Genetics, 2002, 3(4): 299-309. [19] Dawson E, Abecasis G R, Bumpstead S, et al. A first-generation linkage disequilibrium map of human chromosome 22[J]. Nature, 2002, 418(6897): 544-548. [20] Lynch M, Walsh B. Genetics and Analysis of Quantitative Traits[Z]. Sunderland MA:.Sinauer Associates, 1998. [21] Rafalski A, Morgante M. Corn and humans: recombination and linkage disequilibrium in two genomes of similar size[J]. Trends in Genetics, 2004, 20(2): 103-111. [22] Gabriel S B, Schaffner S F, Nguyen H, et al. The structure of haplotype blocks in the human genome[J]. Science, 2002, 296(5576): 2225-2229. [23] Tishkoff S A, Williams S M. Genetic analysis of African populations: human evolution and complex disease[J]. Nature Reviews Genetics, 2002, 3(8): 611-621. |
[1] | 许慧慧, 班卓, 王晨雪, 毕泉鑫, 刘肖娟, 王利兵. 文冠果BZR1基因家族鉴定及功能分析[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(2): 12-22. |
[2] | 戚亚, 王改萍, 轩辕欣彤, 彭大庆, 李硕民, 李守科, 曹福亮. 文冠果药用优良无性系评价[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(2): 38-44. |
[3] | 陈升侃, 郭东强, 邓紫宇, 唐庆兰, 廖长琨, 杨植旺, 朱原立, 李昌荣. 斑皮柠檬桉种源树高生长稳定性评价[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(2): 67-74. |
[4] | 姚俊修, 任飞, 王因花, 李庆华, 燕丽萍, 郑岩, 吴德军. 基于荧光SSR标记的接骨木种质资源遗传多样性分析[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(2): 75-82. |
[5] | 柯欣, 费琪, 夏馨蕊, 叶建仁, 朱丽华. 抗松针褐斑病湿地松胚性愈伤组织诱导及体胚产量影响因素的研究[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(1): 87-94. |
[6] | 林强, 徐进, 李上前, 林云斌, 章允清, 欧阳磊. 福建福鼎柳杉种子园半同胞子代遗传变异分析与早期选择[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(1): 78-86. |
[7] | 姜波, 安新民. 基因组精准编辑技术及其在林木育种中的应用[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(1): 11-20. |
[8] | 张伟溪, 丁密, 苏晓华, 李爱平, 王小江, 余金金, 李政宏, 黄秦军, 丁昌俊. 小叶杨×欧洲黑杨杂交F1代生长及叶片解剖结构杂种优势分析与抗旱性评价[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2025, 49(1): 46-58. |
[9] | 杨袁木, 李娜, 陈新宇, 徐放, 潘文, 张卫华. 红锥种源与无性系的材性变异研究[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(6): 41-50. |
[10] | 闫平玉, 张磊, 王佳兴, 冯可乐, 王浩浩, 张含国. 红松天然种群遗传多样性分析及核心种质构建[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(5): 69-80. |
[11] | 王佳兴, 闫平玉, 孙佰飞, 刘劲宏, 冯可乐, 张含国. 长白落叶松自由授粉家系生长变异及优良家系早期选择[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(5): 81-89. |
[12] | 匡泽宇, 彭冶, 方炎明. 铁冬青花挥发性化合物对中华蜜蜂访花的影响[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(4): 254-260. |
[13] | 刘莉, 瞿印权, 余延浩, 王倩, 洑香香. 青钱柳全基因组SSR位点分析及多态性引物开发[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(4): 67-75. |
[14] | 刘夏岚, 宋子琪, 胡凤荣, 尚旭岚. 青钱柳二倍体和四倍体叶特征比较研究[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(4): 76-84. |
[15] | 马坛, 田野, 王书军, 李文昊, 段启英, 张庆源. 不同性别南方型黑杨无性系叶片对土壤短期间歇性干旱的生理响应[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2024, 48(3): 172-180. |
阅读次数 | ||||||
全文 |
|
|||||
摘要 |
|
|||||