miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究

doi:10.3969/j.issn.1000-2006.2016.05.005

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南京林业大学学报（自然科学版） ›› 2016, Vol. 40 ›› Issue (05): 29-33.doi: 10.3969/j.issn.1000-2006.2016.05.005

miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究

王浩然,李爽爽,乐丽娜,匡华琳,黄敏仁,陈英^*

南方现代林业协同创新中心,南京林业大学林学院,江苏省农业种质资源保护与利用平台杨树种质资源圃,江苏南京 210037

出版日期:2016-10-18 发布日期:2016-10-18
基金资助:
收稿日期:2015-12-23 修回日期:2016-05-13
基金项目:国家林业公益性行业科研专项青年项目(20134111); 国家自然科学基金青年项目(31200507); 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
第一作者:王浩然(njlydxwhr@163.com)。*通信作者:陈英(ychen@ njfu.edu.cn),副教授。
引文格式:王浩然,李爽爽,乐丽娜,等. miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究[J]. 南京林业大学学报(自然科学版),2016,40(5):29-33.

Interaction between miR164a and its target PeNAC1

WANG Haoran, LI Shuangshuang,LE Lina,KUANG Hualin,HUANG Minren,CHEN Ying^*

Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China, College of Forestry, Nanjing Forestry University, Poplar Germplasm Nursery, Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilizations for Agricultural Germplasm, Nanjing 210037, China

Online:2016-10-18 Published:2016-10-18

摘要/Abstract

摘要： miRNA参与了生物体重要的基因表达调控过程,其中miR164通过对标靶NAC(NAM/ATAF/CUC)基因家族的精细调控,在植物激素信号传导、生长发育以及胁迫应答中起着重要作用。为了验证杨树中miR164a和其预测靶基因PeNAC1间是否也存在这一相互作用,笔者采用PCR技术克隆了毛果杨(Populus trichocarpa)miR164a的前体序列Ptc-MIR164a,并通过RNA fold(http://rna.tbi.univie.ac.at/)在线软件对其进行了miRNA二级结构分析。结果表明:该序列能形成典型的二级茎环结构,预示其在细胞内能被加工为成熟的miR164a。进一步借鉴动物细胞miRNA研究中荧光素酶报告基因法,利用高效的杨树原生质体瞬时表达体系,验证了Ptc-MIR164a对其预测靶基因PeNAC1的标靶作用; 同时,也建立了一种比较简单、直观的植物miRNA靶标基因的鉴定方法。

Abstract: miRNA plays a central role in gene regulations. Many research showed that miR164a targets NAC(NAM/ATAF/CUC)genes involved in multiple biological functions, such as plant development, hormones singal transduction and environmental stimuli. To confirm the interaction between micro164a and its predicted target gene PeNAC1 in poplar, the pre-micro164a sequence was cloned from P. trichocarpa genome DNA by PCR, named Ptc-MIR164a. And according to the results of secondary structure analyses with RNA fold(http://rna.tbi.univie.ac.at/), Ptc-MIR164a can form a typical stem-loop structure that suggests it can be processed into mature miRNA164a in vivo. Then combining the principle of luciferase reporter plasmids used in miRNA target detection in animal cell and the transient expression system of poplar protoplasts, we confirmed the interaction between Ptc-MIR164a and PeNAC1 and established a simple and intuitive method for miRNA target detection in plant cell.

中图分类号:

S722
Q343

王浩然,李爽爽,乐丽娜,等. miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2016, 40(05): 29-33.

WANG Haoran, LI Shuangshuang,LE Lina,KUANG Hualin,HUANG Minren,CHEN Ying. Interaction between miR164a and its target PeNAC1[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Science Edition), 2016, 40(05): 29-33.DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2016.05.005.

参考文献

[1] Reinhart B J, Weinstein E G, Rhoades M W, et al. MicroRNAs in plants[J]. Genes Dev, 2002, 16(13): 1616-1626. Doi:10.1101/gad.1004402.
[2] Chen X. MicroRNA biogenesis and function in plants[J]. FEBS Lett, 2005, 579(26): 5923-5931. Doi:10.1016/j.febslet.2005.07.071.
[3] Jones-Rhoades M W, Bartel D P, Bartel B. MicroRNAS and their regulatory roles in plants[J]. Annu Rev Plant Biol, 2006, 57: 19-53. Doi:10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218.
[4] Mallory A C, Vaucheret H. Functions of microRNAs and related small RNAs in plants[J]. Nat Genet, 2006, 38(S): 31-36. Doi:10.1038/ng1791.
[5] Simon S A, Meyers B C. Small RNA-mediated epigenetic modifications in plants[J]. Curr Opin Plant Biol, 2011, 14(2): 148-155. Doi:10.1016/j.pbi.2010.11.007.
[6] Válóczi A, Várallyay E, Kauppinen S, et al. Spatio-temporal accumulation of microRNAs is highly coordinated in developing plant tissues[J]. Plant J, 2006, 47(1): 140-151. Doi:10.1111/j.1365-313X.2006.02766.x.
[7] Guo H S, Xie Q, Fei J F, et al. MicroRNA directs mRNA cleavage of the transcription factor NAC1 to downregulate auxin signals for Arabidopsis lateral root development[J]. Plant Cell, 2005,17:1376-1386. Doi:10.1105/tpc.105.030841.
[8] Mallory A C, Dugas D V, Bartel D P, et al. MicroRNA regulation of NAC-domain targets is required for proper formation and separation of adjacent embryonic, vegetative, and floral organs[J]. Curr Biol, 2004,14: 1035-1046. Doi:10.1016/j.cub.2004.06.022.
[9] Mao W, Li Z, Xia X, et al. A combined approach of high-throughput sequencing and degradome analysis reveals tissue specific expression of microRNAs and their targets in cucumber[J]. PLoS One, 2012,7(3): e33040. Doi:10.1371/journal.pone.0033040.
[10] Lee J Y, Kim S, Hwang D W, et al. Development of a Dual-luciferase reporter system for in vivo visualization of microRNA biogenesis and posttranscriptional regulation[J]. J Nucl Med. 2008, 49(2):285-294. Doi:10.2967/jnumed.107.042507.
[11] Tan B, Xu M, Chen Y, et al. Transient expression for functional gene analysis using Populus protoplasts[J]. Plant Cell Tiss Organ Cult, 2013, 114(1): 11-18. Doi:10.1007/s11240-013-0299-x.
[12] 王浩然,邵志龙,朱燕宇,等. '南林895'杨PdNAC1 基因克隆及蛋白的亚细胞定位[J].南京林业大学学报(自然科学版),2015,39(3):50-54. DOI:10.3969/j.issn.1000-2006.2015.03.010. Wang H R,Shao Z L,Zhu Y Y,et al. Cloning and sub-cellular localization of PdNAC 1 in poplar ‘Nanlin895'[J]. Journal of Nanjing Forestry University(Natural Sciences Edition), 2015,39(3):50-54.
[13] Llave C, Xie Z, Kasschau K D, et al. Cleavage of Scarecrow-like mRNA targets directed by a class of Arabidopsis miRNA[J]. Science, 2002, 297(5589): 2053-2056. Doi:10.1126/science.1076311.
[14] Laufs P, Peaucelle A, Morin H, et al. MicroRNA regulation of the CUC genes is required for boundary size control in Arabidopsis meristems[J]. Development, 2004, 131(17): 4311-4322. Doi:10.1242/dev.01320.
[15] Fang Y, Xie K, Xiong L. Conserved miR164-targeted NAC genes negatively regulate drought resistance in rice[J]. J Exp Bot, 2014, 65(8): 2119-2135. Doi:10.1093/jxb/eru072.
[16] 曹学武, 陈正堂. miRNA靶基因实验验证的研究进展[J]. 重庆医学, 2009, 38(2): 211-213. Doi:10.3969/j.issn.1671-8348.2009.02.047.

相关文章 15

[1]	马坛, 田野, 王书军, 李文昊, 段启英, 张庆源. 不同性别南方型黑杨无性系叶片对土壤短期间歇性干旱的生理响应[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(3): 172-180.
[2]	王改萍, 章雷, 曹福亮, 丁延朋, 赵群, 赵慧琴, 王峥. 红蓝光质对银杏苗木生长生理特性及黄酮积累的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 105-112.
[3]	宋子琪, 卞国良, 林峰, 胡凤荣, 尚旭岚. 流式细胞仪鉴定青钱柳倍性方法的建立及其应用[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 61-68.
[4]	孙旭高, 陶家璐, 谢微, 石洁, 张宝津, 邓小梅. 米老排优树组培技术体系优化研究[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(2): 69-78.
[5]	顾宸瑞, 袁启航, 姜静, 穆怀志, 刘桂丰. 基于转录组测序的关联分析定位裂叶桦叶形调控基因[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 39-46.
[6]	杨蕴力, 曹俐, 王阳, 顾宸瑞, 陈坤, 刘桂丰. BpGLK1基因干扰表达对裂叶桦叶色及生长的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 18-28.
[7]	王伟, 邱志楠, 李爽, 白向东, 刘桂丰, 姜静. CRISPR/Cas9核糖核蛋白介导的无T-DNA插入的白桦BpGLK1精准突变[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2024, 48(1): 11-17.
[8]	国颖, 杨港归, 吴雨涵, 何杰, 何玉洁, 廖浩然, 薛良交. DNA甲基化调控植物组织培养过程的分子机制研究进展[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 1-8.
[9]	陈俊娜, 王晓宇, 陈晨, 彭辉武, 陈娟, 黄卫和, 喻方圆. BR对东京野茉莉种子中脂肪酸合成相关酶活性及油脂积累的影响[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 35-41.
[10]	宫楠, 祖鑫, 解志军, 朱长红, 李淑娴. 紫荆种子吸胀和层积过程中不同相态水分变化的核磁共振检测[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 42-50.
[11]	王章荣, 季孔庶, 徐立安, 邹秉章, 林能庆, 林景泉. 马尾松实生种子园营建技术、现实增益及多世代低成本经营新模式探讨[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 9-16.
[12]	欧阳, 欧阳芳群, 孙猛, 王超, 王军辉, 安三平, 王丽芳, 许娜, 王猛. 欧洲云杉无性系幼龄生长节律、年度和密度互作效应及选择策略[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(6): 95-104.
[13]	罗芊芊, 李峰卿, 肖德卿, 邓章文, 王建华, 周志春. 两个南方红豆杉天然居群的交配系统分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(5): 80-86.
[14]	郭伟, 韩秀, 张利, 王迎, 杜辉, 燕语, 孙忠奎, 张林, 李国华, 罗磊. 青檀扦插苗对不同氮素水平的形态、光合生理响应和转录组分析[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(5): 87-96.
[15]	刘蓉, 吴德军, 王因花, 任飞, 李丽, 燕丽萍, 周晓锋. 白蜡花粉最佳离体萌发培养基筛选[J]. 南京林业大学学报（自然科学版）, 2023, 47(3): 70-76.

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